El sindicalismo, en una primera etapa, ante la propuesta de Lonardi de respetar las estructuras creadas por el Justicialismo, hizo un recambio en su cúspide de forma de permitir y consolidar el diálogo. Pero ante el fracaso del proyecto "ni vencedores ni vencidos", que tendía a "corregir desviaciones" del peronismo, y la consolidación de la "Revolución Libertadora" con Aramburu y Rojas a la cabeza (y la propuesta de la "dictadura de la democracia") todo cambió. Los dirigentes fueron perseguidos y encarcelados, los sindicatos fueron intervenidos, se investigaron sus finanzas y se derogó la legislación que los favorecía.
El sindicalismo pasó entonces en masa y de lleno a la oposición clandestina, con el programa aprobado en La Falda, Córdoba, en 1957, en el plenario de delegados regionales de la CGT. Pero cuando Perón hace el pacto con Frondizi, y el peronismo como entidad diferenciada empieza a salir a la luz nuevamente, se aprecian las primeras diferencias entre los distintos sectores y cobra cuerpo lo que, por ahora, llamaremos sindicalismo participacionista.

Virtudes y defectos de la "burocracia sindical" que no se puede mantener unida

Los sindicatos adquieren poco a poco conciencia de su peso específico en la estructura social y política del país.
Si alguna vez alguien pensó que eran sólo un "invento" de Perón, llegó la hora de demostrar lo contrario. El sindicalismo, en la forma en que se dio en la Argentina, con una central única de trabajadores, surgió durante el gobierno peronista y con el apoyo explícito de Perón, pero pronto los dirigentes políticos, empresarios y aun los militares, descubrieron las ventajas de "negociar" con una conducción única en vez de tener que enfrentar al mismo tiempo diversos conflictos aislados y espontáneos.
Las cúpulas sindicales que a partir de entonces comienzan a ser "seducidas" por los diversos sectores que aspiran al poder, mantienen su posición peronista como factor aglutinante del conjunto del movimiento obrero, son símbolo de protesta y correa de transmisión de sus propias inquietudes. Pero entran en el "coqueteo".
La más clara divergencia entre Perón y las cúpulas dirigentes se produce con el vandorismo, a partir de 1963. Augusto Timoteo Vandor, entonces secretario de la poderosa U.O.M. (Unión Obrera Metalúrgica), abre su propia senda, pero fracasa cuando intenta una independencia política, un "peronismo sin Perón", en las elecciones de Mendoza de 1965.
En esta oportunidad el líder envía a su esposa Isabel con instrucciones precisas de apoyar a un candidato peronista opositor al "vandorismo". Así se divide el electorado peronista y gana las elecciones un candidato tradicional.
El sindicalismo, además de canalizar las protestas sociales, luchar por un salario digno y por el mejoramiento de las condiciones de trabajo, tenía que mantener una estructura burocrática relativamente amplia, con asesores legales, contadores, médicos y servicios sociales importantes. Esto imponía un manejo de fondos lo suficientemente significativo como para que cualquiera que tuviera una cuota de poder, dentro o fuera de la estructura sindical, le tuviera respeto.
Es decir, en muchos casos, el sindicalismo llegó pronto a conformarse con ser un factor de poder, más interesado en su propia supervivencia que en la defensa real de los intereses en función de los cuales había sido creado.
Surgió lo que desde la izquierda se llamó la "burocracia sindical", constituida por dirigentes que mantenían esta política de supervivencia de la estructura misma, aun a costa de sacrificar demandas obreras legítimas. Aquí hay que incluir a los que no tienen interés de cambiar el orden establecido, en la medida en que es en éste donde su juego de poder tiene sentido, y que se definen a sí mismos, aún hoy, como "freno al comunismo", con plena conciencia de su función social: integrar a la clase obrera al sistema.
Frente a la alianza de estos dirigentes neoperonistas con la dictadura de Onganía, surgen los primeros intentos de organización sindical paralela en las denominadas "62 Organizaciones de pie junto a Perón", nucleamiento que apenas dura un año.
Más tarde, cuando la lucha se comienza a radicalizar ante el plan de desnacionalización y empobrecimiento lanzado por Adalbert Krieger Vasena desde el Ministerio de Economía, apoyado por Guillermo Borda, ubicado en el Ministerio del Interior, desde donde aplica una política de mano dura, surge la famosa "C.G.T. de los Argentinos", conducida por el casi mítico dirigente Raimundo Ongaro. Su existencia no será mucho más duradera que la anterior, pero su importancia histórica radica en la actuación protagónica que tuvo durante los sucesos del "Cordobazo". Uno de sus detonantes fue el encarcelamiento de Ongaro y el hecho de haber sido el factor de nucleamiento de todos los sectores "combativos" que provenían de diversas vertientes, y que confluyeron en 1970 en el Congreso de Bases convocado por esta organización obrera.
"No nos interesan los edificios de los sindicatos, sino los trabajadores de cada gremio", se señaló en el mismo, en clara alusión al sector tildado de "participacionista" o de "burócrata".
En otro momento, se resalta la unión con todos los grupos radicalizados de aquel entonces: "Las alianzas permanentes de la CGT de los Argentinos son con los sectores revolucionarios que luchan por la liberación del pueblo (...) porque la virtud y capacidad de consagrarse al pueblo es sólo patrimonio de los revolucionarios (...) que ofrendan la vida junto a los compañeros y hermanos oprimidos".
En esos mismos momentos, la conducción de la CGT renovaba sus autoridades en un discutido congreso normalizador que terminó consagrando a José Rucci como secretario general. En el mismo se asistió a la deserción de 140 delegados de S.U.P.U., FOETRA, A.T.E., Frigoríficos, Navales, Gas del Estado, etcétera, que decidieron retirarse ante lo que calificaron de "farsa".
A partir de entonces dos líneas quedan claramente diferenciadas: la de las "62 Organizaciones", comandadas por el dirigente metalúrgico Lorenzo Miguel, y las combativas, en las que, si bien Ongaro y la CGT de los Argentinos son un punto convocante, también nuclea a sectores cristianos, tercermundistas y estudiantiles que deciden pasar a jugar al denominado bando nacional y popular, junto a juventudes políticas y organizaciones armadas.
Hasta las elecciones del 11 de marzo, aunque se advierten marcadas diferencias en el gremialismo y la guerra interna continuaba (en 1969, por ejemplo, ocurre el asesinato de Vandor), el espectro aparecía cohesionado. Es a partir de esa fecha cuando el conflicto se desata en toda su virulencia.
La lucha se establece, como veremos más adelante, en todos los campos. Con las "62 Organizaciones" se alinean los grupos del peronismo de derecha: el Comando de Organización (C. de O.); Guardia de Hierro, la resucitada Alianza Libertadora Nacionalista, de Queraltó y organizaciones estudiantiles nuevas.
La conducción política gremial, sin fuerzas propias dentro de la juventud, resuelve crear "desde arriba" una Juventud Sindical Peronista, que se va a distinguir por sus brazaletes verdes.
Por otro lado se genera la confluencia de la izquierda peronista, a la que se suman muchos grupos de izquierda recién "peronizados". Este fenómeno se da, sobre todo, entre los intelectuales de la clase media, y el espacio en que se mueven se denomina, en sentido amplio, la "Tendencia".